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　　夏瓊寺初建時屬于噶丹派，格魯派興起后，它和其他噶丹派寺院一樣，成為格魯派寺院，采用色拉寺佛學教程，屬于色拉寺系統。清乾隆三十六年(1772)十月，三世卻藏阿旺圖登旺秋(1725--1796)任該寺第三十九任總法臺，曾捐銀4000余兩建成該寺具有128根大柱的經堂。自此，歷輩卻藏活佛為該寺寺主，夏瓊寺成為佑寧寺的屬寺之一。重瓊寺所轄寺院《安多政教史》載有20多座，《夏瓊寺志》云25座，主要分布在化隆縣的西半部，即今支扎鄉的支扎寺，雄先鄉的雄先寺、卡夏德靜房、賽康靜房，查甫鄉的才毛吉靜房，扎巴鄉的達東尕布寺、東沖寺、甲玉寺，德加鄉的德加寺、知乎隆寺、昂思多鄉的尕吾寺、尕若洞寺、尖扎麻尼經堂，二塘鄉的科才卡昂寺，群科鎮的安達恰罕卡昂寺、貢依寺、文布具卡昂寺，沙連堡鄉的卡崗寺、郭卜列寺，德恒隆鄉的尕加知崗寺、那加寺、塘才噶爾寺，加合鄉的多達寺、麻達寺，石大倉鄉的乙什扎寺。解放前夕部分寺院已經消亡，一般傳為18座屬寺，內分上下二部，支扎、查甫地區寺院稱為上部屬寺，其下至乙什扎寺，稱之為下部屬寺。《夏瓊寺志》亦云，今海南州貴德縣白馬寺(藏語謂之郭密卻什典格寺)、化隆德恒隆若索寺、甘都東麻昂寺、海西州都蘭縣香日德鎮香日德班撣行轅等原為夏瓊寺屬彥，后獻白馬寺于卻藏活佛，獻若索寺于尖扎拉莫德千寺的直于倉活佛，獻東麻昂寺于拉卜楞寺第二世嘉木樣活佛。香日德班禪行轅最初由六世班禪賜給夏瓊寺，后因路途遠，夏瓊寺復獻于班禪大師。